Ctrl jest wykorzystywany do wyboru źródła, jeśli klonowany jest obraz. Klawisz nie ma żadnego działania podczas klonowania desenia. Klonować można dowolną warstwę obrazu, poprzez kliknięcie obrazu i przytrzymywanie Ctrl. Należy się upewnić, że potrzebna warstwa jest aktywna (w oknie Warstw). Jeśli Wyrównanie ustawione jest na „brak” lub „wyrównany”, to punkt pierwszego kliknięcia stanie się źródłem klonowania: wartość tego punktu będzie wykorzystywana od momentu rozpoczęcia rysowania. W trybie wyboru źródła obok kursora pojawia się krzyż.

Wybór źródła klonowania określa, czy kopiowany będzie deseń pokazany poniżej, czy też jeden z otwartych obrazów.

Opcja określa, w jaki sposób pozycja źródła będzie przesuwana dla każdego pociągnięcia.

Na powyższym rysunku przedstawione zostały opcje Wyrównania. Kursor przedstawiony jest jako czerwony kwadrat, а punkt źródła - jako czarny krzyż.

Efekty Krycia w przypadku Klonowania są dość złożone, gdyż przezroczystości nie da się skopiować. Klonowanie przezroczystego źródła nie spowoduje żadnych zmian. W przypadku klonowania półprzezroczystego obszaru, efekt będzie zależny od przezroczystości źródła. Dla 100% krycia i twardego pędzla:

Klonowanie nigdy nie powoduje zwiększenia przezroczystości, ale może ją zmniejszyć, jeśli nie zaznaczona jest opcja „Blokowanie” dla warstwy. Klon nieprzezroczystego obszaru na przezroczystym da nieprzezroczysty, zaś klon półprzezroczystego obszaru na półprzezroczystym zwiększy krycie.

Klonowanie posiada również kilka mniej znanych zastosowań. Jednym z nich są „Pędzle filtrujące”, sprawiające wrażenie użycia filtru przy pomocy pedzla. W tym celu należy skopiować potrzebną warstwę i zastosować filtr dla kopii. Nastepnie należy aktywować Klonowanie, jako źródło wybrać „Obraz”, а dla Wyrównania wybrać „zarejestrowany”. Kliknięcie na filtrowanej warstwie przy jednoczesnym przytrzymywaniu Ctrl, pozwoli rysować na warstwie docelowej obrazu. W ten sposób efekt filtra jest nanoszony na pożądaną warstwę za pomocą pędzla.

Opcja ta imituje „pędzel historii” programu Fotoshop, pozwalający wycofać lub na nowo wprowadzać zmiany na obrazie przy pomocy pędzla. W tym celu należy skopiować obraz, a następnie w historii oryginału cofnąć się do pożądanego wyglądu przy pomocy cofnięć lub w oknie historii. Operacja musi być wykonana na oryginale, gdyż podczas kopiowania historia nie jest kopiowana. Kolejnym krokiem jest aktywacja Klonowania. Jako źródło należy wybrać „obraz wyjściowy”, а wyrównanie na „zarejestrowany”. Klikając na warstwie jednego obrazu i jednocześnie przytrzymując Ctrl, możliwe jest rysowanie na odpowiedniej warstwie drugiego obrazu. W zależności od sposobu wykonania, powstanie „pedzel cofnięcia” lub „pędzel powtórzenia”.