A versão 0.54 foi lançada em fevereiro de 1996, e chamou atenção por ser o primeiro programa livre de edição de imagens profissional. Esse foi o primeiro programa livre que podia competir com grandes programas de manipulação de imagens comerciais.

A versão 0.54 foi um lançamento beta, mas era tão estável que você poderia usa-lo no seu trabalho diário. Contudo, uma das maiores desvantagens da versão 0.54 era que o conjunto de ferramentas (as barras de rolagem, menus, caixas de dialogo, etc.) foram construídas com o Motif, uma biblioteca de widgets comercial. Isso era um grande inconveniente para sistemas como o “Linux”, porque quem quisesse usar a versão mais rápida, com ligação dinâmica do GIMP, teria que comprar o Motif. Além de que muitos desenvolvedores eram também estudantes rodando o Linux, e que não poderiam bancar a compra do Motif.

Quando a versão 0.60 foi lançada em Julho de 1996, o programa havia estado sob o desenvolvimento de S e P (Spencer e Peter) por quatro meses. As principais novidades de programação foram as novas ferramentas, GTK (Kit de ferramentas do GIMP) e o gdk (Kit de desenho do GIMP), que acabavam com a dependência do Motif. Para o artista gráfico, a 0.60 estava cheia de novas ferramentas como: camadas básicas, ferramentas de pintura melhoradas (amostras de sub-pixel, espaçamento de pincel); um aerógrafo melhorado; modos de pintura; etc.

A versão 0.60 foi uma versão de desenvolvimento, e não foi lançada com o objetivo de uso intenso. Ela serviu como campo de trabalho para a versão 0.99 e a versão final 1.0, sendo que funções e melhorias puderam ser testadas, abandonadas ou alteradas. Você pode pensar na versão 0.60 como a versão alfa da 0.99.

Em fevereiro de 1997, a 0.99 entrou em cena. Junto com outros desenvolvedores, S e P fizeram diversas alterações no GIMP e adicionaram ainda mais características. As principais diferenças eram a nova API (sigla de Interface de Programação de Aplicativos, em inglês) e a “PDB”, o que tornou possível escrever scripts; Os Script-Fus (ou macros) agora eram capazes de automatizar ações que você normalmente faria manualmente. O GTK/gdk também foi alterado e agora se chamava GTK+. Ainda mais, a 0.99 usava uma nova forma de gerenciamento de memória baseada em mosaicos que permitia carregar grandes imagens no GIMP (carregar uma imagem de 100 MB no GIMP não era problema). A versão 0.99 também introduziu no GIMP um novo formato de arquivo nativo, chamado XCF.

A nova API tornou fácil escrever extensões e plug-ins para o GIMP. Diversos plug-ins e extensões foram criadas tornando o GIMP ainda mais útil (como o SANE, que permite escanear imagens diretamente para o GIMP).

No verão de 1997, o GIMP chegava na versão 0.99.10, e o S e P tiveram que abrir mão de grande parte do seu suporte já que se graduaram e começavam a trabalhar. Entretanto, os demais desenvolvedores do GIMP continuaram a trabalhar sob o comando de Federico Mena para preparar o GIMP para o seu grande momento.

Em setembro de 1997 o GTK+ se separou do GIMP. O GTK+ foi reconhecido como uma excelente ferramenta, e outros desenvolvedores começaram a usa-lo para suas próprias aplicações.

Em outubro de 1997 o GIMPcongelou suas características. Isso significa que novas ferramentas não seriam adicionadas às bibliotecas de núcleo do GIMP e ao programa. A versão 0.5 do GUM (sigla para o Manual de Usuário do GIMP, em inglês) também estava sendo lançada em meados de outubro de 1997. O trabalho de desenvolvimento continuava para tornar o GIMP estável e pronto para a versão 1.0.