Versie 0.54 is in februari 1996 vrijgegeven en heeft veel veranderd, zijnde het eerste echte gratis professionele beeldbewerkingsprogramma. Het was het eerste gratis programma dat kon concurreren met de grote commerciele beeldbewerkingsprogramma's.

Versie 0.54 was een testversie, maar al zo stabiel dat het voor dagelijks gebruik geschikt was. Een van de nadelen was echter dat de vensteronderdelen (de schuifbalken, menu's, dialoogvensters entc.) uit een commerciele pakket; Motif kwamen. Dit was een belangrijk nadeel voor systemen als, Linux, omdat men Motif moest kopen als men GIMP sneller, met dynamisch gekoppelde elementen wilde uitvoeren. Veel ontwikkelaars waren bovendien studenten die het zich niet konden veroorloven om Motif te kopen.

Toen versie 0.60 in juli 1996 werd gepresenteerd hadden S en P vier maanden aan de ontwikkeling gewijd. Belangrijke verbeteringen in de programmering waren de nieuwe verzamelingen vensterelementen; GTK (GIMP ToolKit) en GDK (GIMP Drawing Kit), die aan de afhankelijkheid van Motif een einde maakten. Vanuit het perspectief van de graficus zat deze nieuwe verder versie vol met nieuwe mogelijkheden zoals elementaire lagen gebruik; verbeterde tekengereedschappen; sub-beeldpunt sampelen, ruimte tussen penseelstreken, een betere verfspuit; teken modi; etc.

Versie 0.60 was bedoeld als een ontwikkelingsversie en niet bedoeld voor wijdverspreidt gebruik. Het diende als startpunt voor versie 0.99 en de definitieve versie 1.0, functies en verbeteringen konden hieraan toegevoegd, in veranderd of uit verwijderd worden. 0.60 is de kapstok voor de ontwikkeling van versie 0.99.

In februari 1997 verscheen versie 0.99. Samen met andere ontwikkelaars hadden S en P verschillende wijzigingen en meerdere mogelijkheden in GIMP aangebracht. Het grootste verschil waren de nieuwe APIen PDB, die het mogelijk maakten scripts (opdrachtrecepten) te schrijven; met Script-Fu's (of macros) konden nu opdrachten die voorheen arbeidsintensief met de hand gedaan moesten worden, worden geautomatiseerd. GTK/gdk waren ook gewijzigd en werden nu GTK+ genoemd. Daarbij was er nieuwe manier gebaseerd op tegelvorming gecre-eerd waardoor het mogelijk werd enorme afbeeldingen met GIMP te bewerken (het laden van afbeeldingen van 100 MB levert geen problemen op in GIMP ) in deze versie werd ook het eigen GIMP-formaat; genaamd XCF geintroduceerd.

De nieuwe API vereenvoudigde het schrijven van uitbreidingen en plug-ins voor GIMP. Verschillende nieuwe plug-ins en uitbreidingen waren toegevoegd waardoor GIMP nog bruikbaarder werd (zoals SANE, waardoor een afbeeldig direkt in GIMP gescand kan worden).

Ten tijde van de zomer van 1997, was GIMP versie 0.99.10 bereikt en hadden S en P zich steeds verder uit de ondersteuning teruggetrokken omdat ze afgestudeerd waren en aan reguliere banen begonnen waren. Andere ontwikkelaars namen het stokje echter over en onder aansturing van Federico Mena werd er verder gewerkt aan een definitieve gebruikersversie.

In september 1997 werd GTK+ als een zelfstandig project van GIMP afgesplitst, het was toen al herkend als een uitmuntende vensterwerkset (`toolkit'), en ook andere ontwikkelaars begonnen het te gebruiken in hun eigen programma's.

De eigenschappen van GIMP werden vastgelegd in oktober 1997; er zouden geen nieuwe mogelijkheden toegevoegd worden aan de basiswerking van GIMP tot de ontwikkelaars klaar waren om de stabiele versie 1.0 vrij te geven. In oktober 1997 werd ook versie 0.5 van de GUM (GIMP gebruikershandleiding) gepresenteerd.