La prima volta che si esegue GIMP si deve passare attraverso una serie di passi che servono alla configurazione di opzioni e cartelle. Questo procedimento crea una sottocartella nella cartella dell'utente con il seguente nome: .gimp-2.4. Tutte le informazioni sulle scelte effettuate vengono memorizzate in questa cartella speciale. Se si elimina la cartella o la si rinomina per esempio in questo modo, .gimp-2.4.bak, al prossimo avvio di GIMP ripartirà la sequenza di configurazione, creando una nuova cartella .gimp-2.4. È possibile ricorrere a questo metodo per sperimentare l'effetto di scelte differenti senza distruggere una installazione esistente o se si è fatto un tale pasticcio da non riuscire più a rimettere le cose a posto e si rende necessario rifare l'installazione.