La versión 0.54 se realizó en febrero de 1996, y tuvo un gran impacto como el primer programa realmente libre de manipulación de imágenes profesional. Fue el primer programa libre que podía competir con los grandes programas comerciales de manipulación de imágenes.

La versión 0.54 fue una versión beta, pero era tan estable que la podía usar en el trabajo diario. Sin embargo, uno de los mayores inconvenientes de la 0.54 era el conjunto de herramientas (deslizadores, menús, cajas de diálogos, etc.) que fueron construidas con Motif, una herramienta comercial. Fue un gran inconveniente para los sistemas como “Linux”, porque tenían que comprar Motif si querían usar GIMP enlazado dinámicamente más rápido. La mayoría de los desarrolladores eran estudiantes bajo Linux, que no podían permitirse comprar Motif.

Cuando se realizó la 0.60 en julio de 1996, se hizo bajo el desarrollo de S y P (Spencer y Peter) durante cuatro meses. Las principales ventajas de programación fueron las herramientas nuevas, GTK (kit de herramientas de GIMP) y gdk (kit de dibujo de GIMP), que eliminaron la dependencia de Motif. Para el artista gráfico, la 0.60 estaba llena de características nuevas como: capas básicas; herramientas de pintura mejoradas (muestreo de subpíxel, espaciado del pincel); un aerógrafo mejor; modos de pintura; etc.

La versión 0.60 fue una versión de desarrollo, y no estaba dirigida a un uso extenso. Sirvió como un campo de trabajo para la 0.99 y la versión final 1.0, así que las funciones y mejoras se pudieron probar y trasladar o cambiar. Puede ver la 0.60 como la versión alfa de la 0.99.

En febrero de 1997, la 0.99 salió a escena. Junto a otros desarrolladores, S y P habían hecho muchos cambios a GIMP y añadido más características. La diferencia principal fue la nueva API (Application Programming Interface) y la “PDB”, que hicieron posible la escritura de scripts: los scripts-Fu (o macros) podían ahora automatizar cosas que generalmente debía hacer a mano. GTK/gdk también habían cambiado y ahora se llamaban GTK+. Además, la 0.99 usaba una forma nueva de gestión de la memoria basada en mosaicos que permitía cargar imágenes enormes en GIMP (cargar una imagen de 100MiB en GIMP no suponía un problema). La versión 0.99 también introducía un nuevo formato de archivo nativo de GIMP llamado XCF.

La API nueva hacía realmente fácil escribir extensiones y complementos para GIMP. Muchos complementos y extensiones nuevos emergieron para hacer a GIMP más útil (como SANE, que activa el escaneado directamente en GIMP).

En el verano de 1997, GIMP alcanzaba la versión 0.99.10, y S y P tenían que abandonar la mayor parte de su soporte ya que se graduaron y empezaron a trabajar. Sin embargo, los otros desarrolladores de GIMP continuaron bajo la dirección de Federico Mena para preparar GIMP para su hora estelar.

GTK+ se separó de GIMP en septiembre de 1997. GTK+ había sido reconocida como una herramienta excelente, y otros desarrolladores empezaron a usarla para construir sus propias aplicaciones.

GIMP congeló sus características en octubre de 1997. Esto significaba que no se añadirían características nuevas a las bibliotecas del núcleo de GIMP ni al programa. La versión 0.5 de GUM (manual de usuario de GIMP) también se realizó en octubre de 1997. El trabajo de desarrollo continuó para hacer que GIMP fuera estable y estuviese preparado para la versión 1.0.