Kommandoen Sammenlæg billedets lag (fjern gennemsigtighed) lægger alle billedets lag sammen til et enkelt lag uden alfakanal. Når lagene er lagt sammen, har det samme udseende som før. Forskellen er, at alt billedindholdet er i et enkelt lag uden gennemsigtighed. Hvis der er områder, som er gennemsigtige gennem alle lagene i det oprindelige billede, er baggrundsfarven synlig.

Denne operation medfører betydelige ændringer i billedets struktur. Det er normalt kun nødvendigt, når man vil gemme et billede i et format, som ikke understøtter niveauer eller gennemsigtighed (en alfakanal).