De opdracht Alle lagen samenvoegen voegt alle lagen van de afbeelding samen tot één enkele laag zonder alfakanaal. Nadat de afbeelding is samengevoegd ziet deze er hetzelfde uit als voorheen. Het verschil is dat alle inhoud van de afbeelding zich in een enkele laag bevindt zonder transparantie. Als er gebieden zijn die door alle lagen van de originele afbeelding heen transparant zijn, is de achtergrondkleur zichtbaar.

Deze bewerking brengt aanzienlijke wijzigingen aan in de structuur van de afbeelding. Het is normaal gesproken alleen nodig als u een afbeelding wilt opslaan in een indeling die geen niveaus of transparantie ondersteunt (een alfakanaal).