De opdracht Doorsnede van alfa en selectie maakt een selectie uit de gecombineerde alfakanalen van alle geselecteerde lagen, waaruit een doorsnede wordt gemaakt met de reeds bestaande selectie. Alleen gemeenschappelijke delen van beide selecties worden behouden.

Ondoorzichtige gebieden worden volledig geselecteerd, transparante gebieden worden niet geselecteerd en doorzichtige gebieden worden gedeeltelijk geselecteerd. De alfakanalen van de geselecteerde lagen worden niet veranderd.