La finestra delle preferenze è accessibile dal menu principale facendo → . Essa permette di personalizzare molte impostazioni di lavoro di GIMP. Le seguenti sezioni descriveranno in dettaglio le impostazioni personalizzabili e ciò che esse vanno a modificare.
Tutte le informazioni sulle preferenze sono memorizzate in un file chiamato gimprc nella propria cartella di configurazione, quindi se ci si ritiene «utente esperto» e si preferisce lavorare con un editor di testo piuttosto che con un'interfaccia grafica, si può modificare le preferenze modificando quel file. In tal caso, e si se usa un sistema Linux, man gimprc fornirà molte informazioni tecniche sul contenuto del file e sul suo utilizzo.
