Como saber: Se esse é o problema, é possível que só de ler isso talvez já tenha feito você se dar conta, mas é melhor explicar em todo caso: algumas vezes o pisca-pisca que acompanha as linhas de seleção são chatas, por que torna difícil ver detalhes importantes da imagem. Por isso o GIMP oferece a opção de esconder a seleção, bastante desmarcar a opção Exibir seleção no menu Visualizar. No entanto, é fácil de esquecer que você fez isso.

How to fix: Go to the View menu for the image and, if Show Selection is unchecked, click on it.