Když skončíte s úpravou obrázku, obvykle si budete chtít výsledek svého snažení uložit. (Ve skutečnosti se vyplatí ukládat i během práce. GIMP je sice velmi stabilní program, ale program, který nemůže spadnout za žádných okolností, skutečně neexistuje. Ani GIMP není výjimka.) Většinu formátů, které umí GIMP otevřít, lze použít i k ukládání obrázků. Nicméně jeden z formátů je obzvláště významný. Je to XCF, nativní formát Gimpu, který ukládá všechny informace o obrázku (s výjimkou dat pro funkci zpět/znovu a historii). XCF se proto výborně hodí zejména pro ukládání během práce nebo pro obrázky, které budou v budoucnu v Gimpu dále upravovány. Většina ostatních programů ale neumí soubory XCF otevřít, proto je vhodné po dokončení práce obrázek uložit také v některém rozšířenějším formátu, např. JPEG, PNG, TIFF a podobně.

Kromě XCF, nativního formátu GIMPu, neexistuje žádný jiný formát, který by dokázal uchovat kompletní informace o obrázku. Pokud požádáte GIMP, aby uložil obrázek ve formátu, který ho nedokáže plně popsat, GIMP vás upozorní, oznámí vám, jaké informace budou ztraceny (protože je není možné ve zvoleném formátu zaznamenat) a zeptá se, zda chcete obrázek exportovat do podoby, kterou lze v daném formátu uložit (tedy do podoby bez informací, které formát neumí popsat). Exportování ale nezmění vlastní otevřený obrázek v Gimpu, takže ten bude stále obsahovat informace všechny a můžete ho později uložit v jiném formátu, např. XCF.