Es pot accedir al diàleg de preferències des del menú principal, mitjançant Edita → Preferències. Permet personalitzar molts aspectes del comportament del GIMP. Les següents seccions detallen les opcions que podeu personalitzar, i a quins elements afecten.

Tota la informació de preferències es conserva en un fitxer anomenat gimprc en la vostra carpeta personal del GIMP, de manera que si sou un «superusuari», que prefereix treballar amb un editor de textos en lloc d'una interfície gràfica, podeu alterar les preferències editant el fitxer. Si ho feu, i sou en un sistema Linux, l'ordre man gimprc proporciona una gran quantitat d'informació tècnica sobre els continguts del fitxer i perquè s'utilitzen.