Ο διάλογος προτιμήσεων μπορεί να προσπελαστεί από τη γραμμή μενού εικόνας, μέσα από Επεξεργασία → Προτιμήσεις. Σας επιτρέπει να προσαρμόσετε πολλές όψεις του τρόπου εργασίας του GIMP. Οι παρακάτω ενότητες αναλύουν τις ρυθμίσεις που μπορείτε να προσαρμόσετε και τι επηρεάζουν.

Όλες οι πληροφορίες προτιμήσεων αποθηκεύονται σε ένα αρχείο που λέγεται gimprc στον προσωπικό σας κατάλογο GIMP, έτσι εάν είστε ένας «δυνατός χρήστης» που προτιμά να δουλέψει με επεξεργαστή κειμένου παρά με γραφική διεπαφή, μπορείτε να αλλάξετε τις προτιμήσεις επεξεργαζόμενοι αυτό το αρχείο. Εάν το κάνετε και είσαστε σε σύστημα Linux, τότε το man gimprc θα σας δώσει πολλές τεχνικές πληροφορίες για τα περιεχόμενα του αρχείου και πού χρησιμοποιούνται.