Η εντολή Συγχώνευση με την από κάτω συγχωνεύει την ενεργή στρώση με τη στρώση ακριβώς από κάτω της στη στοίβα, λαμβάνοντας υπόψη τις ποικίλες ιδιότητες της ενεργής στρώσης, όπως η αδιαφάνεια της και η κατάσταση στρώσης. Η τελική συγχωνευμένη στρώση θα είναι σε κανονική κατάσταση, θα έχει αδιαφάνεια ορισμένη στο 100% και θα έχει ένα κανάλι άλφα ακόμα κι αν οι αρχικές στρώσεις δεν είχαν. Εάν η παρακάτω στρώση δεν είναι αδιαφανής, ή εάν είναι σε κάποια κατάσταση άλλη πέρα από την κανονική, τότε αυτή η εντολή θα αλλάξει γενικά την εμφάνιση της εικόνας.

Η πιο κοινή χρήση της συγχώνευσης με την από κάτω είναι η κατασκευή στρώσης, ξεκινώντας με μια «στρώση βάσης» (συνήθως αδιαφανή και σε κανονική κατάσταση, έτσι ώστε να μπορείτε να δείτε τι κάνετε) και προσθήκη μιας «στρώσης τροποποίησης» πάνω της, με οποιοδήποτε σχήμα, αδιαφάνεια και κατάσταση στρώσης χρειαζόσαστε. Σε αυτήν την περίπτωση, ανάμειξη προς τα κάτω της στρώσης τροποποίησης θα συνδυάσει τις δύο στρώσεις σε μία, χωρίς αλλαγή του τρόπου που δείχνει η εικόνα.