Es pot accedir al diàleg de preferències des del menú principal, mitjançant Edita → Preferències. Permet personalitzar molts aspectes del comportament del GIMP. Les següents seccions detallen les opcions que podeu personalitzar, i a quins elements afecten.

Tota la informació de les preferències s'emmagatzema en un fitxer anomenat gimprc en la vostra carpeta de configuració, de manera que si sou un «usuari avançat » que prefereix treballar amb un editor de text que amb una interfície gràfica, podeu alterar les preferències editant aquest fitxer. Si ho feu, i esteu en un sistema Linux, aleshores man gimprc us donarà molta informació tècnica sobre el contingut del fitxer i per a què s'utilitzen.